掌门球（大师球）作为100%捕捉率的终极道具，用对地方能大幅提升效率。最值得优先捕捉的宝可梦是超梦、三圣鸟（急冻鸟/闪电鸟/火焰鸟）以及特殊版本中的凤王/洛奇亚，其次是梦幻、雪拉比等隐藏神兽。合理分配掌门球不仅能节省大量时间，还能避免因捕捉失败导致的神兽逃跑风险。
对于刚接触火红版的小伙伴们，首先要明确掌门球的稀缺性。正常流程中，玩家仅能通过西鲁夫公司剧情获得1个大师球，部分改版或特殊事件可能追加获取途径，但总体仍属于一次性战略资源。建议将掌门球留给以下两类宝可梦：一是剧情必遇且捕捉难度极高的神兽，比如等级70的超梦；二是需要反复刷新的稀有宝可梦，例如三圣鸟。超梦作为火红版终极BOSS，不仅种族值碾压全场，其所华蓝洞窟地形复杂，战斗中还可能使用自我再生回血，普通球类成功率极低。曾有玩家测试发现，即便将超梦血量压到1%并附加睡眠状态，用高级球尝试20次仍可能失败，掌门球的稳定性优势展露无遗。
急冻鸟位于双子岛深处，闪电鸟在无人发电厂顶层，火焰鸟则栖息于冠军之路。这三只神兽的共同特点是出现位置隐蔽且逃跑率较高，尤其是闪电鸟所发电厂地图需要反复绕行，一旦捕捉失败需要重新挑战迷宫。改版火红386中新增的凤王与洛奇亚同样适用此策略，两者分别出现在铃铛塔和漩涡岛，捕捉时可能遭遇神圣之火或气旋攻击的持续伤害，使用掌门球可规避战斗损耗。有趣的是，部分玩家会刻意保留掌门球应对意外情况，比如在狩猎区遇到闪光宝可梦时紧急使用，但这种做法需要极高运气支撑。
