比如同为初代重制版的叶绿专享的呆呆兽和海星星，在火红的世界里就无法通过常规方式遇到。想要它们，只能通过联机交换或特殊活动获取。类似的情况还有化石精灵，奥西米山只能获得菊石兽或化石盔中的一种化石，另一个则属于另一个版本的限定款。更可惜的是，像洛奇亚、凤王这类第二世代的神兽，在原版火红中并未开放捕捉途径，只能通过后续版本的活动或特殊道具触发隐藏剧情。
有些神秘伙伴需要特殊缘分才能相遇。比如梦幻和代欧奇希斯这类幻之宝可梦，在正常游戏中根本没有出现的机会。它们原本是任天堂早期线下活动的赠品，需要官方配信或特殊道具（如天界之笛）才能解锁。第三世代新增的固拉多、盖欧卡等超古代神兽，在火红的主线流程中也毫无踪迹。即便通过修改器强行召唤，也会因数据缺失导致模型异常或战斗崩溃。就连看似普通的皮皮，在火红版里也只能在月见山通过剧情固定捕获一只，野外再难寻觅。
最后要提的是那些看得见却抓不着的遗憾。游戏初期博士研究所里摆放的妙蛙种子、小火龙和杰尼龟模型，明明近在咫尺，却无法全部拥有——玩家只能选择其中一只作为初始伙伴。更令人无奈的是通信进化类精灵，虽然耿鬼、胡地等精灵的初级形态可以捕捉，但若没有朋友联机，最终形态永远是可望不可即的梦想。最扎心的是彩虹市的伊布，用水之石进化成水精灵后，想要再获得雷精灵或火精灵？除非你能找到本作根本不存雷之石和火之石。
