迷失岛2时光机的开启需要集齐两块时间石块并破解密码。首先在工厂获取第一块时间石块，随后在船舱底部鲸鱼处获得第二块。密码隐藏在二楼日记本最后一页的撕痕中，需用铅笔涂抹显现。将石块放入时光机后，按照密码对应点亮蓝色按钮即可启动。
时光机的密码机制与工厂陈列室的线索紧密关联。在工厂09号房间内，墙上的外星人图案会显示特定光点顺序，需与日记本密码页的蓝点分布对照。每个光点代表时间石块上的一个激活位置，排列组合时需确保灯塔、工厂、船舱三个场景的线索完全匹配。若密码输入错误，时光机不会给予提示，但可反复尝试。
时间石块的获取过程涉及多个解谜环节。工厂的石块需先修复断开的电线并提交飞鱼研究，换取刀具后剖开鲸鱼肚子获得。船舱底部的石块则需破解地板密码机关，通过观察鱼腹压住的数字（带圈数字代表6-9，不带圈为1-5）打开隐藏区域。两块石块均呈三角形，表面有类似电路板的纹路。
成功激活时，机器会发出蓝色光束并播放特定音效，场景将切换至过去时间线。需注意穿越前要确保已完成当前时间线的关键物品收集，如未取得曼陀罗花或鲁特琴等道具，可能导致过去时间线的机关无法破解。时光机可反复使用，但每次需重新放置石块。最终阶段需利用时光机完成时空闭环。在过去时间线将种子交给少年后，返回现在时间线可看到长成的大树，进入飞船二楼放入异形块获取红花。该设计强调时空互动的因果关系，任何物品的缺失都可能影响结局达成。
