主线剧情地图的游玩顺序是：孤岛→焦土→畸变→灭绝→创世纪1→创世纪2。这个顺序是根据游戏剧情发展和难度递进设计的，遵循此流程可以逐步提升生存技巧并完整理解方舟的宏大世界观。每张地图都是整个方舟故事不可或缺的一部分，它们串联起来构成了完整的主线。
主线旅程从孤岛地图开始，它是所有新手的理想起点。这张地图资源分布相对均衡，生物等级也比较适中，非常适合玩家在这里练习驯服恐龙、建造基地和掌握基础战斗技巧，为后续更艰难的挑战打下坚实的基础。完成孤岛的探索后，剧情会将你引导至焦土地图，这里的环境变得极为严酷。你需要面对沙漠的极端高温和突如其来的沙暴天气，生存压力大增，但同时也有机会驯服像飞龙这样独一无二的强大生物。这张地图的剧情会进一步揭露方舟世界的秘密，为后面的故事埋下伏笔。
接下来你将进入完全颠覆生存逻辑的畸变地图。这里主要是一个充满辐射和怪异生物的地下世界，常规的生存经验大多失效，你必须依赖光源和特殊装备才能存活下去。畸变的剧情紧接焦土，会向你揭示方舟计划背后的一部分真相。之后便是灭绝地图，这里呈现的是一个被战争彻底摧毁的末世景象，玩家需要面对强大的机械生物和堪称巨兽的泰坦级BOSS，游戏剧情在此会迎来关键性的重大转折。
主线故事的终点站是创世纪1和创世纪2这两张地图。它们采用了非常科幻的设定，背景是太空站和星际旅行。创世纪1主要通过一系列的模拟任务来推动故事发展，而创世纪2则直接衔接了灭绝地图的结局，最终带领玩家重返地球，去完成整个方舟故事的最终使命。
