通关后第一件重要事情就是去找大木博士升级图鉴。这时候需要确保你已经收集了至少60种精灵，带着足够的精灵去真新镇找博士，他会帮你把图鉴升级为全国图鉴版本。升级完成后会获得船票，这是开启后续内容的关键道具。拿到船票后直奔枯叶市的码头，那里可以乘坐游轮前往七岛地区，那里藏着许多新的冒险和稀有精灵等着你去发现。
在七岛区域最值得关注的是火焰山右侧的山洞，那里能找到红宝石。带着红宝石回到一号岛的精灵中心交给博士，就能解锁更多岛屿的探索权限。这些岛屿上分布着各种神兽，比如火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟，还有超梦这样的传说精灵。记得多准备些高级球和状态异常的技能，这些神兽可不好抓。月见山深处也能遇到派拉斯这样的实用精灵，它的孢子技能在战斗中很有帮助。
二周目开始后别忘了重新挑战道馆馆主和四大天王。他们的队伍会变得更强，等级也提高了不少，这给了你检验队伍实力的好机会。平时可以在一号岛灯火山附近用战斗探测器反复刷训练师来练级，那里的对手等级都在37级左右，经验值很丰厚。如果觉得队伍不够强，可以考虑培养卡比兽、快龙这样的高种族值精灵，或者练只喵喵用来捡道具赚钱。
通关后的自由探索阶段最重要的是完善图鉴。除了七岛的神兽，别忘了去华蓝洞窟找超梦，那达洞深处也有新增的捕梦网。双子岛用超级钓竿能钓到盖欧卡，遗产谷草原则有古拉多。有些精灵需要特定技能才能遇到，比如用冲浪术才能到达的隐藏区域。随身带着会闪光、怪力等秘传技能的精灵会方便很多。
如果遇到通关后存档丢失的问题，可能是模拟器设置或游戏版本的原因。建议检查存档模式是否为128k，或者重新下载一个不掉档的版本。平时多备份存档文件能避免进度丢失。二周目内容很丰富，足够玩上很久，关键是保持探索的热情，把之前没去过的地方都走一遍，说不定就有意外收获。
