进入荒海地下结界的关键在于解开深井的双层封印并获取镇物。首先需要找到荒海中心区域的四个雷元素方碑，用雷元素攻击将其全部点亮后，大树旁的深井第一层封印会解除。接着启动井口机关进入内部，使用道具留念镜观察井底的三只地狐雕像，每观察一个雕像会显现对应的机关，启动全部三个机关后石门会打开，可进入荒海地下区域。该步骤需注意留念镜需提前完成稻妻相关任务获取，否则无法触发机关。
到达地下后，需面对若雷结界的进入难题。在结界入口处观察地狐雕像会出现雷樱枝条，召唤雷种子后即可穿过结界屏障。若雷种子等级不足，可采用特殊技巧：用岩主荒星或猫猫护盾卡位，使角色半身进入结界边缘后跳跃穿模。进入结界内部后，用雷元素攻击天狐雕像可获得关键道具镇物，需再次召唤雷种子离开结界。此过程需注意结界内宝箱位置，避免遗漏收集。
获取镇物后返回结界外部进行净化操作。将镇物放入结界装置后，部分装置会显示为地狐雕像形态，需再次使用留念镜观察使其恢复为可调节状态。调整装置上的勾玉数量时，需按照特定顺序排列，常见解法为前1、左3、左上2、右3、右上2的配置。图案正确后会出现落武者敌人，击败后结界净化完成。荒海地下区域的水位会发生变化，原本被水淹没的通道将显露。
水位下降后继续探索可发现隐藏传送锚点。从左侧大门进入水潭区域，通过雷元素机关解谜可使水位阶段性下降。第一处解谜需激活两个仙灵机关，分别位于柱子和神樱树左侧。第二处解谜涉及五个雷方块机关，按右往左数12541542的顺序触发后，水位将降至最低，露出底部通道。沿通道前进可解锁恒常机关阵列附近的传送点，该区域还藏有珍贵宝箱和隐藏任务道具。整个探索过程需注意雷元素角色的合理搭配，建议携带持续挂雷角色以应对复杂机关。
最终进入海底区域需通过多重空间结构。在完全排水的通道尽头存在机械门机关，开启后会遭遇遗迹守卫类敌人，击败后可进入最底层空间。该区域由多个立方体房间构成，部分墙面设有隐藏机关，需用元素视野探测。最深处存在神樱大祓任务的最终结界，完成该系列任务后荒海地下将完全开放。探索过程中建议随时标记重要资源点，因地形复杂容易迷失方向。
