进入荒海中间的井底需要完成一系列解谜步骤。首先传送到荒海陆地上的传送锚点，向樱花树方向飞行并找到井口。跳入井中后会正对鸟居，向左前行至灯的位置再次左转，能看到解密机关。攻击机关使其全部旋转至同一面，解密成功后宝箱旁会出现入口。继续前进会看到楼梯，上去后向后转可发现另一组相同机关，再次解密后水位会下降。
进入井底后需装备背包中的留念镜，对准场景内的小雕像进行扫描。扫描后小雕像会消失并出现机关，启动所有机关后井底通道入口将开启。若遇到水位未下降的情况，需在神樱大祓结界右侧找到雷立方机关，按照特定顺序攻击：右上角两次、左下角两次，第一层水位会下降。跳入出现的洞口继续前进，游泳至尽头可发现第二组雷立方机关，攻击中间机关两次即可完全排空地下水。
在完全排水的区域朝北方前进会看到密室大门，点击启动即可进入核心区域。若遇到铁门阻挡，需在绀田村井底获取两把钥匙：第一把通过绀田事话任务自动获得，用于开启井盖；第二把需在井底探索后取得，用于解密机关。部分区域需召唤雷种子穿过雷元素屏障，具体操作为靠近发光物品点击召唤，待雷种子包裹角色后即可穿越屏障。
最终阶段需注意荒海地下存在五个机关组成的阵列解密，正确解法为按逆时针方向依次激活第二、第一、第三个机关。全部机关激活后会出现武士魂灵，击败它即可完成净化。探索过程中建议随时开启元素视野寻找隐藏路径，部分被石块封堵的通道需切换大剑角色或火元素角色击碎。
