副本的入口分布较为分散，需要通过不同方式触发或寻找。庄园副本可从日常活动界面直接进入，每日活动中的怪物入侵和野外BOSS挑战均属于副本玩法范畴。部分副本如密斯卡大学需营地达到特定等级后，在地图固定位置寻找入口，其钥匙通过击败副本门口的巨型僵尸随机掉落。随机生成的NPC或特殊地形（如史莱姆绿洲坐标60，60）也可能触发隐藏副本。
高阶副本如圣罗纳市需要玩家达到80级并配备新装备方可进入，这类副本通常奖励丰厚但难度较大。起源之地等特殊副本则存在独特机制，例如需持续点燃电灯驱散迷雾，否则会陷入迷失状态。寂海沉舟副本位于晶棘海域，要求采集等级95级，分为普通和精英两种模式，通关后可获得精密透镜等高级物资。控制大楼副本需先完成海岛暗礁且采集等级达91级，其流程包含破坏信号锁、收集卫星数据等环节。
副本战斗需注意属性克制与团队配合。危海寻晶副本中，燃烧属性克制孢子类怪物，冰冻克制焦岩，电磁克制晶化。团队副本如控制大楼要求分工明确，一人吸引BOSS仇恨，其他成员输出。建议携带符合等级的护甲和护盾，武器优先选择仿生菌焰喷火器或雷托霰弹枪，并准备凝固剂、氨基酸等补给品。部分副本需特定道具辅助，如喷气背包用于跃上圆台，潜水装备用于水下探索。
起源之地副本需持续点燃电灯维持视野，黑泥沼副本全程无需踩点即可推进。部分副本设有机甲、坦克等载具，如危海寻晶中可驾驶坦克清除母巢。特殊机关如密码门需通过颜色提示破解，绿色代表数字正确且位置正确，黄色为数字正确位置错误，红色则完全错误。水下区域可能隐藏鲨鱼或宝箱，需使用潜水推进器灵活移动。
