游戏开始时玩家需要从妙蛙种子、杰尼龟和小火龙中选择初始宝可梦，这三种宝可梦分别对应草系、水系和火系，选择后将与宿敌小茂进行首次对战。初始选择直接影响前期游戏体验，妙蛙种子在第一个岩石道馆具有优势，小火龙后期成长性较好，杰尼龟则相对均衡。完成初始剧情后前往常磐市商店取得大木博士的包裹，返回真新镇交付包裹可获得宝可梦图鉴，游戏主线任务正式展开。
离开真新镇后需通过常磐森林前往尼比市，森林中可捕捉绿毛虫等虫系宝可梦，建议培养一只巴大蝴用于后续战斗。尼比市岩石道馆馆主小刚使用小拳石和大岩蛇，水系或草系技能可有效克制。击败馆主后获得灰色徽章，可前往月见山探索。月见山内有火箭队成员阻挠，击败后可在两块化石中选择其一，左侧化石可复活为镰刀盔，右侧则对应菊石兽。
通过月见山后抵达华蓝市，水系道馆馆主小霞使用宝石海星等宝可梦，电系或草系技能效果显著。获得蓝色徽章后需前往25号道路的正辉家，帮助其恢复原状可获得圣安奴号船票。返回枯叶市登船后需击败船上训练家，最终在船长室获得秘传机居合斩。使用居合斩可清除枯叶市道馆前的树木，电系道馆馆主马志士使用雷丘等宝可梦，地面系技能可完全免疫其电系攻击。
获得橙色徽章后需前往地鼠洞穴穿越至常磐森林附近，可返回华蓝市右侧使用居合斩开路。通过9号道路进入岩山隧道需使用闪光术照明，隧道内训练家较多建议提前准备恢复道具。抵达紫苑镇后需进入宝可梦塔击败火箭队成员解救富士老人，获得宝可梦笛子可唤醒挡路的卡比兽。后续流程涉及彩虹市百货大楼事件和金黄市火箭队基地，击败火箭队首领坂木后获得透视镜，可返回紫苑镇完成宝可梦塔剧情。
