自然奇观是地图上随机生成的特殊地形，它们不仅具有独特的视觉表现，还能为玩家的文明发展提供显著加成。发现自然奇观时，侦察兵会获得额外经验值，同时为文明提供时代分数，这对早期游戏节奏至关重要。自然奇观通常能为相邻单元格提供高额产出，例如食物、生产力、科技值或信仰值，部分奇观还能为圣地带来额外相邻加成。合理利用这些加成是优化城市布局的关键。
自然奇观的核心作用体现在资源产出与区域规划上。大堡礁可为所在单元格提供食物和科技值，而罗赖马山则能大幅提升相邻单元格的科技与信仰产出。玩家需根据奇观类型调整城市发展策略：若奇观提供食物与生产力，适合作为城市核心区域；若侧重科技或文化，则优先在其附近建造学院或剧院广场。需注意，部分奇观如火山口湖或死海无法被改良，但其相邻单元格仍可受益于保护区或国家公园等后期建筑。
自然奇观的另一重要功能是提升地块吸引力。绝大多数奇观会为相邻单元格增加2点吸引力，少数如多佛白崖甚至提供4点。高吸引力地块是修建国家公园、海滨度假区的理想位置，对文化胜利至关重要。玩家应避免在奇观附近建造工业区或机场等降低吸引力的设施，以最大化其观光价值。宗主城邦康提的能力可与自然奇观联动，每发现一个新奇观即可获得宗教遗物，进一步强化文化或宗教策略。
部分自然奇观具备特殊机制，需针对性利用。百慕大三角会将海军单位随机传送至其他海域，同时提供科技值加成；巨人堤为邻近陆地单位提供永久战斗力提升；青春之泉则加速单位生命值恢复并解锁科技与信仰收益。这些特性在特定玩法中具有战略价值，例如海军传送可用于快速探索，而战斗力加成能显著提升早期军事优势。玩家需根据当前游戏目标，灵活选择是否围绕这些奇观制定战术。
